Kaišiadorių pagalbinė mokykla internatas įsteigta 1982 m. Mokyklos steigėjas –  Švietimo ir mokslo
ministerija. Mokyklai nuo 1982 m. iki 2015 m. vadovavo direktorė Reda Pažėrienė. Per pirmąjį
penkmetį (1982–1987)  įstaiga kaupė patirtį, tobulino darbo sistemą, turtino materialinę bazę, kūrė
gražią ir estetišką aplinką. 1987 m. mokykloje mokėsi 287 mokiniai. Tais pačiais metais išleista
pirmoji laida – 31 mokinys. 1987–1992 m. susiformuoja mokyklos kolektyvo branduolys. Šiam
laikotarpiui būdinga patirties sklaida, mokyklos pasiekimų įvertinimas, tautinės mokyklos koncepcijos
įgyvendinimas. Šalyje prasidėjus neįgaliųjų integracijai į visuomenę, mokykla aktyviai įsitraukė į šį
procesą.
1992–1997 m. mokyklos veikloje pasireiškia kaitos procesai, susiję su šalyje vykstančiomis švietimo
reformomis. Keičiamas mokyklos pavadinimas: Kaišiadorių specialioji internatinė mokykla. 
Atidaromos lavinamosios klasės vaikams, kurie anksčiau dėl savo negalės pobūdžio buvo laikomi
neugdytinais. 1995 m. mokykloje pradedami lavinti vaikai, turintys didelių ir labai didelių specialiųjų
ugdymosi poreikių. 1996 m. mokinių auklėjamosios grupės perorganizuojamos į šeimynas. Mokymo
turinys vis labiau artinamas prie sociokultūrinio gyvenimo konteksto, kuriama mokinių darbinio
mokymo ir auklėjimo sistema, atsižvelgiant į vaikų interesus ir galias. Mokykloje didelis dėmesys
teikiamas mokymo bazės pritaikymui, ugdymo turinio pasikeitimams įgyvendinti.
1994–1995 m. m. prie mokyklos buvo įsteigtos jaunimo klasės, o nuo 1995 m. rugsėjo 1 d. Jaunimo
mokykla funkcionuoja kaip savarankiška Kaišiadorių rajono savivaldybės ugdymo įstaiga.
1997 m. Kaišiadorių specialiosios internatinės mokyklos pavaldumas perduodamas Kauno apskrities
viršininko administracijai. 1997–2005 m. – mokyklos brandos metas. Auga pedagogų kompetencijos,
įgyvendinamos ugdymo proceso naujovės, daug dėmesio skiriama teikiamų paslaugų plėtrai ir jų
kokybei. 1999 m. renovuota mokyklos biblioteka, teikianti paslaugas ne tik mokyklos bendruomenei,
bet ir viso rajono pedagogams. 2000 m. įrengta nuolat veikianti mokinių darbų ekspozicijos salė.
2002 m. įrengiamas pirmasis informacinių technologijų kabinetas. 2003–2004 m. įrengiamas
relaksacijos kabinetas, pradedamos teikti papildomos paslaugos negalią turintiems ugdytiniams –
kūno vandens masažas, bendroji kūno atpalaidavimo terapija, hipoterapija (gydomasis jodinėjimas).
2004 m. mokykla užmezga draugiškus ryšius su Vokietijos Kliopenburgo Šv. Vincento mokykla,
kurioje ugdomi intelekto negalią turintys vaikai ir jaunuoliai. Siekiant pasisemti patirties lankomasi
vieni pas kitus, įgyvendinami bendri projektai, kartu dalyvaujama ir kitų šalių organizuojamuose
projektuose. Šiltas ir nuoširdus bendradarbiavimas tęsiasi iki šiol.
Vykstant specialiųjų internatinių mokyklų kaitos procesui, keitėsi mokyklos nuostatai ir pavadinimas.
Pradėtas keisti internato statusas. Nuo 2005 m. rugsėjo mėn. –  Kaišiadorių specialioji mokykla su
bendrabučiu.
 Nuo 2010-07-01 Kaišiadorių specialioji mokykla yra valstybinė įstaiga, skirta ugdytiniams nuo 7 iki 21
metų, turintiems didelių ir labai didelių specialiųjų ugdymosi poreikių, kurios savininkas yra
Kaišiadorių rajono savivaldybė.
2007–2012 m.  sėkmingai buvo įvykdytas ES struktūrinių fondų finansuojamas projektas „Kuriame
Lietuvos ateitį”: „Kaišiadorių specialiosios mokyklos pastato rekonstravimas”. 
2015–2016 m. m. mokyklai laikinai vadovavusi Rūta Stankienė  nuo 2016 m. liepos 1 d. Kaišiadorių
rajono savivaldybės tarybos  sprendimu paskirta į Kaišiadorių specialiosios mokyklos direktoriaus
pareigas.

2016-09-01 suformuota pirmoji jungtinė specialioji priešmokyklinio ugdymo grupė. 2016 spalio 10 d.
vadovaujantis Kaišiadorių rajono savivaldybės administracijos direktoriaus pavaduotojo įsakymu Nr.
V30E-1 patvirtintais mokyklos nuostatais pakeistas Kaišiadorių specialiosios mokyklos pavadinimas.
Naujas pavadinimas – Kaišiadorių šventosios Faustinos mokykla.
Nuo 2017-07-01 pradėtos teikti paslaugos vaikams su negalia ir su sunkia negalia, o nuo 2017-12-01
teikiamos paslaugos asmenimis su negalia ir su sunkia negalia.
2022-02-15 įstaigoje buvo atidaryta Terapijų studija, kurioje teikiamos relaksacinės ir reabilitacinės
paslaugos, vykdomos sveikatinimo ir nusiraminimo programos.
2023-01-01 įstaigai priskirtos Bendruomeninių šeimos namų funkcijos ir pradėtos teikti prevencinės
paslaugos Kaišiadorių rajono bendruomenei.
2023 m. liepos mėnesį mokykla tampa priskirto regiono (Alytaus m., Alytaus r., Druskininkų,
Elektrėnų, Kaišiadorių r., Lazdijų r., Trakų r., Varėnos r. savivaldybių) konsultavimo centru ir
keičiamas jos pavadinimas – įstaiga tampa Kaišiadorių šventosios Faustinos ugdymo centru.