Kaišiadorių pagalbinė mokykla internatas įsteigta 1982 m. Mokyklos steigėjas –  Švietimo ir mokslo ministerija.

Buriantis kolektyvui  ryškėjo savitas mokyklos veidas. Pirmojo penkmečio (1982 – 1987) laikotarpiui  būdingas patirties kaupimas (kabinetų, klasių, bendrabučio turtinimas, gražios estetiškos aplinkos kūrimas, darbo sistemos formavimas). Visa tai vyko jaunų,  išradingų ir aktyvių darbuotojų dėka. Ieškojimus, patirties sėmimąsi lydėjo kolektyvo narių  entuziazmas.

1987 m. mokykloje mokėsi 287 mokiniai. Tais pačiais metais išleista pirmoji mokinių laida – 31 moksleivis. 1987 – 1992 m. susiformuoja mokyklos kolektyvo branduolys. Šiam laikotarpiui būdinga patirties sklaida, mokyklos pasiekimų įvertinimas, tautinės mokyklos koncepcijos įgyvendinimas. Šalyje prasidėjus neįgaliųjų integracijai į visuomenę, mokykla aktyviai įsitraukė į šį procesą.

1992 – 1997 mokyklos veikloje pasireiškia kaitos procesai, susiję su šalyje vykstančiomis švietimo reformomis. Pakeičiamas mokyklos pavadinimas: Kaišiadorių specialioji internatinė mokykla. Atidaromos lavinamosios klasės vaikams, kurie anksčiau dėl savo negalės pobūdžio buvo laikomi neugdytinais. 1995 m. mokykloje pradedami lavinti vaikai, turintys didelių ir labai didelių specialiųjų ugdymosi poreikių. 1996 mokinių auklėjamosios grupės perorganizuojamos į šeimynas. Mokymo turinys vis labiau artinamas prie sociokultūrinio gyvenimo konteksto, kuriama mokinių darbinio mokymo ir auklėjimo sistema, atsižvelgiant į vaikų interesus ir potencines galias. 1992 – 1997 m. laikotarpiu mokykloje didelis dėmesys teikiamas mokymo bazės pritaikymui ugdymo turinio pasikeitimams įgyvendinti.

1994 – 1995 m. m. mokyklos bazėje įsteigiama Jaunimo mokykla,  kuri nuo 1995 rugsėjo funkcionuoja, kaip savarankiška Kaišiadorių rajono savivaldybės ugdymo įstaiga.

1997 m. Kaišiadorių specialiosios internatinės mokyklos pavaldumas perduodamas Kauno apskrities viršininko administracijai. 1997 – 2005 m. – mokyklos brandos metas. Auga pedagogų kompetencija, įgyvendinamos ugdymo proceso naujovės, daug dėmesio skiriama teikiamų paslaugų plėtrai ir jų kokybei. 1999 m. renovuota mokyklos biblioteka, teikianti paslaugas ne tik mokyklos bendruomenei, bet ir viso rajono pedagogams. 2000 m. įrengta nuolat veikianti moksleivių darbų ekspozicijos salė. 2002 m. Įrengiamas pirmasis informacinių technologijų kabinetas. 2003 – 2004 m. pradedamos teikti papildomos paslaugos negalią turintiems ugdytiniams – kūno vandens masažas, bendroji kūno atpalaidavimo terapija, relaksacijos kabineto paslaugos, hipoterapija (gydomasis jodinėjimas).

2004 m. mokykla užmezgė draugiškus ryšius su Vokietijos Kliopenburgo Šv. Vincento mokykla, kurioje ugdomi intelekto negalią turintys vaikai ir jaunuoliai. Siekdami geriau susipažinti ir pasisemti patirties lankėmės vieni pas kitus, įgyvendinti bendri projektai, kartu dalyvaujame kitų šalių organizuojamuose projektuose. Šiltas ir nuoširdus bendradarbiavimas tęsiasi jau 13 m.

Vykstant specialiųjų internatinių mokyklų kaitos procesui, keitėsi mokyklos nuostatai ir pavadinimas. Pradėtas keisti internato statusas. Nuo 2005 m. rugsėjo men. –  Kaišiadorių specialioji mokykla su bendrabučiu.

 Nuo 2010-07-01. Kaišiadorių specialioji mokykla yra valstybinė įstaiga, kurios savininkas Kaišiadorių rajono savivaldybė, skirta ugdytiniams nuo 7 iki 21 metų, turintiems didelių ir labai didelių specialiųjų ugdymosi poreikių. Mokykla, sudarydama sąlygas mokiniui, turinčiam specialiųjų ugdymosi poreikių, gauti kokybišką ir poreikius atitinkantį ugdymą ir būtiną švietimo pagalbą, rengia mokyklos ir mokinio individualaus ugdymo planą, vadovaudamasi pagrindinio ir vidurinio ugdymo programų bendraisiais ugdymo planais. Baigę 10-metę ugdymo(si) programą, didelių ir labai didelių specialiųjų ugdymosi poreikių mokiniai mūsų mokykloje gali toliau ugdymąsi tęsti socialinių įgūdžių ugdymo klasėse. Mokyklos mokiniai, neturintys galimybių kasdien važinėti į namus, tėvams, globėjams pageidaujant, 5 dienas per savaitę gali nemokamai gyventi mokyklos bendrabutyje. Vadovaujantis įstatymų numatyta tvarka didesnei daliai mokinių, kasdien atvykstantiems į mokyklą, gyvenantiems mokyklos bendrabutyje skiriamas nemokamas maitinimas. Mokinių vežiojimas ir pavėžėjimas organizuojamas remiantis „Kaišiadorių specialiosios mokyklos mokinių pavėžėjimo į mokyklą organizavimo tvarkos aprašu”. Mokyklai nuo 1982 m. vadovauja II vadybinės kategorijos vadybininkės, specialiosios pedagogės metodininkės: mokyklos direktorė Reda Pažėrienė ir pavaduotoja ugdymui Veronika Kiuršinienė. Mokinius ugdo aukštos kvalifikacijos patyrę specialieji pedagogai. Teikiama kvalifikuota specialioji, logopedinė, psichologinė, socialinė, gydomosios kūno kultūros pagalba; aktyviai veikia Vaiko gerovės komisija. Vykdant neformalųjį švietimą tenkinami mokinių pažinimo, lavinimo(si) ir saviraiškos poreikiai. Mokykla yra apsirūpinusi mokinių ugdymui ir korekcijai reikalingomis specialiosiomis priemonėmis.

 2007-2012 metais  sėkmingai buvo įvykdytas ES struktūrinių fondų finansuojamas projektas „Kuriame Lietuvos ateitį”: „Kaišiadorių specialiosios mokyklos pastato rekonstravimas”. 

2015-2016 m.m. mokyklai laikinai vadovavusi Rūta Stankienė nuo 2016 m. liepos 1 d. Kaišiadorių rajono savivaldybės tarybos  sprendimu paskirta į Kaišiadorių specialiosios mokyklos direktoriaus pareigas.

2016-09-01suformuota jungtinė specialioji priešmokyklinio ugdymo grupė

2016 m. spalio mėn. 10 d. vadovaujantis Kaišiadorių rajono savivaldybės administracijos direktoriaus pavaduotojo įsakymu Nr. V30E-1 patvirtintais mokyklos nuostatais pakeistas Kaišiadorių specialiosios mokyklos pavadinimas. Naujas pavadinimas – Kaišiadorių šventosios Faustinos mokykla.